Wykrywanie mutacji APC w kale DNA u pacjentów z guzami jelita grubego ad 7

Wszystkie mutacje skutkowały kodonami stop (ciałami stałymi) bezpośrednio poniżej mutacji, jak wskazano po prawej stronie. Figura 4. Figura 4. Widmo mutacji APC zidentyfikowane pomiędzy kodonami 1210 i 1581 w DNA kałowym. Dwadzieścia siedem różnych mutacji zidentyfikowano wśród 26 pacjentów z pozytywnymi testami obcięcia białek cyfrowych. Mutacje wystąpiły w postaci delecji (czerwone trójkąty), insercji (zielone kwadraty) i substytucji zasad (żółte kółka). Liczby w każdym symbolu odnoszą się do numerów pacjentów przedstawionych w Tabeli 1.
Aby potwierdzić, że nieprawidłowe polipeptydy wykryte w teście skracania białka cyfrowego reprezentują mutacje APC, określiliśmy sekwencję odpowiednich produktów PCR. W każdym z 26 pacjentów z pozytywnymi testami znaleźliśmy mutację, która zgodnie z przewidywaniami doprowadziła do skróconego polipeptydu o dokładnie takiej wielkości, jaką stwierdzono w teście skracania białka cyfrowego (Figura 3). Widmo mutacji było szerokie (ryc. 4 i tab. 1) i bardzo podobne do tych w sporadycznych nowotworach jelita grubego.
Następnie staraliśmy się potwierdzić, że mutacje zidentyfikowane w kale były również obecne w guzach pacjentów. Chociaż u większości pacjentów materiał nowotworowy odpowiedni do analizy mutacyjnej nie był dostępny, byliśmy w stanie ocenić mutacje APC w guzach siedmiu pacjentów, którzy mieli pozytywne wyniki w teście skracania białka cyfrowego. Mutacje w tych nowotworach były identyczne z mutacjami występującymi w kale (ryc. 3). Ocenialiśmy również charakter mutacji APC w nowotworach od 12 pacjentów z negatywnymi wynikami w teście skracania białka cyfrowego. Guzy od 6 z tych 12 pacjentów miały mutacje skracające (w kodonach 1284, 1291, 1309, 1376, 1464 i 1488). W związku z tym oszacowano, że 36 z 46 pacjentów z nowotworem (78%, przedział ufności 95%, 65 do 89%) w naszym badaniu zawiera mutacje, które można było wykryć za pomocą testu obcięcia białek cyfrowych (26 pacjentów z dodatnie wyniki testu plus 10 z 20 pacjentów z negatywnymi wynikami testu). Szacunek ten na poziomie 78 procent jest zbliżony do wartości 75 procent oczekiwanych na podstawie wcześniejszych badań.35,41
Dyskusja
Nasze wyniki pokazują, że amplifikowane przez PCR fragmenty DNA o wielkości ponad 1100 bp można oczyścić ze stolców wszystkich badanych pacjentów, niezależnie od obecności lub nieobecności guza okrężnicy lub gruczolaka okrężnicy. Frakcja zmutowanych cząsteczek APC w próbkach od pacjentów z nowotworami wynosiła od 0,4 do 14,1 procent. Wiedza zdobyta podczas naszych badań powinna być pomocna w projektowaniu przyszłych badań. Na przykład, każda technika oceny zmutowanych cząsteczek DNA w kałowym DNA musi mieć zdolność rozróżniania zmutowanej cząsteczki od więcej niż 250 cząsteczek typu dzikiego, jeśli ma zostać osiągnięta czułość porównywalna z osiąganą w tym badaniu. Zwiększając liczbę zbadanych kopii APC, należy osiągnąć dalszy wzrost czułości. Ponadto nasze badania skupiały się na zmianach we wczesnym stadium. Ze względu na wysoki potencjał wyleczenia chirurgicznego lub endoskopowego usunięcia tych zmian, ich wykrycie metodami nieinwazyjnymi, takimi jak test obcięcia białka cyfrowego, ma zdolność zmniejszania zachorowalności i umieralności w przyszłości.
Ważnym elementem naszego badania była wysoka specyficzność testu: nie zidentyfikowano żadnych zmian APC w żadnej z 28 próbek kontrolnych od pacjentów bez nowotworu
[patrz też: psychoza organiczna, octan glatirameru, tymoleptyki ]
[podobne: eskulap lomza, psychozy endogenne, porencefalia ]